A Guiné-Bissau tem duas estações bem definidas: a época seca, de novembro a maio, e a época das chuvas, de junho a outubro. A época seca é geralmente a mais procurada pelos visitantes, com céus limpos, temperaturas mais amenas e mares calmos, ideais para navegar entre as ilhas Bijagós.
Se procura preços mais acessíveis e não se importa com alguns aguaceiros, a época baixa (junho a setembro) oferece paisagens exuberantes e verdes, além de descontos significativos em alojamento e circuitos. É também uma boa altura para observar aves migratórias nos estuários.
Para quem quer aliar a viagem a eventos culturais, vale a pena planear a visita em torno do Carnaval de Bissau (fevereiro/março) ou das festividades tradicionais Bijagó que ocorrem entre abril e junho, consoante a ilha e a comunidade.